Saprophytes :

• Vivent dans l'environnement (dégradation des matières mortes).

Commensales :

• Flore résidente du corps humain, rôle de barrière (peau, intestin).

Pathogènes :

• Strictes : bactéries extérieures à la flore normale (tuberculose, salmonelle).
• Opportunistes : bactéries commensales provoquant des infections en cas d'immunodépression (pneumocoque, méningocoque).

Flore cutanée : Staphylocoques, corynébactéries.

Flore oro-pharyngée : Streptocoques, Haemophilus.

Flore digestive : Anaérobies, entérobactéries.

Étapes clés :

• Prélèvement :
• Zones stériles : sang, LCR, liquide pleural.
• Zones contaminées : selles, gorge.

Sites de prélèvement :

• Zones stériles (LCR, sang, liquide pleural).
• Zones contaminées (crachats, selles, muqueuses).

Timing : Avant toute antibiothérapie pour éviter les résultats biaisés.

Conditions :

• Prélever de manière aseptique.
• Transport rapide au laboratoire (< 2h idéalement).

Traitement :

• Transport rapide, éviter l’exposition prolongée à 4°C (certains pathogènes sensibles).

Examen macroscopique : Aspect général (couleur, odeur, texture).

Examen microscopique :

• Coloration de Gram :
• Bactéries Gram+ : Bleu-violet.
• Bactéries Gram– : Rose-rouge.
• Colorations spéciales :
• Ziehl-Neelsen pour mycobactéries (ex. tuberculose).
• Noir d’argent pour tréponèmes.
• Observation au microscope :
• Forme (cocci, bacilles, spirilles).
• Arrangement (chaînes, amas).

Milieux solides/liquides adaptés (enrichis, sélectifs).

Conditions d’incubation : Température, aérobiose/anaérobiose, ajout de CO₂.

Délais :

• 24-48h pour bactéries courantes.
• Jusqu’à 8 jours pour endocardites.

Méthodes biochimiques (galeries enzymatiques).

Innovations (Maldi-ToF, spectrométrie de masse).

Détermination des résistances bactériennes.

Ajustement précis du traitement antibiotique.

Avantages : Rapidité (ex. antigénurie pour pneumocoque ou Legionella).

Inconvénients : Pas d’isolement bactérien possible.

Amplification de séquences ADN bactériennes spécifiques.

Indications :

• Bactéries difficiles à cultiver (ex. Treponema pallidum).
• Délais trop longs (ex. Mycobacterium tuberculosis).

Types de PCR :

• Universelle : Identification globale (ARN 16S).
• Spécifique : Recherche ciblée (résistance, virulence).

Principe : Détection d’anticorps spécifiques produits contre la bactérie.

Indications :

• Diagnostic rétrospectif.
• Bactéries à culture complexe ou impossible (ex. Brucella, Legionella).

Interprétation :

• Primo-infection : Présence d’IgM.
• Réinfection ou infection ancienne : Augmentation des IgG.
• Séroconversion : Passage d’un sérum négatif à positif.

Exemples de sérologies :

• Maladie de Lyme (Borrelia).
• Syphilis (Treponema pallidum).

Réception des prélèvements.

Examen direct : microscopie, choix des milieux de culture.

Lecture des cultures.

Identification préliminaire.

Antibiogramme initial (si nécessaire).

Résultats définitifs (identification et antibiogramme).

Conservation des souches.

Identification ultra-rapide des bactéries en quelques minutes.

Diminution des délais de diagnostic.